HtPot40恒溫金屬浴在食源沙門菌DNA環介導恒溫核酸擴增法檢測

關鍵詞】  食源沙門菌DNA環 恒溫核酸擴增法檢測

沙門菌是食源性致病菌中一個主要的屬，在各類細菌性食物中毒事件中，沙門菌造成的食物中毒位居前列〔1，2〕。常規的沙門菌檢測方法費時費力，已經不能滿足食品生產質量控制的要求〔3〕。因此，需要開發一種靈敏度高并且反應迅速的方法。Notomi等開發出一種新的恒溫核酸擴增法—環介導恒溫核酸擴增法（loop-mediated isothermal amplification of DNA，LAMP）〔4，5〕。本研究利用DNA環介導恒溫核酸擴增法對市售不同生肉來源的沙門菌進行快速檢測，并且著重在靈敏度和特異性方面對此方法進行驗證，以建立的LAMP反應條件能夠對今后病原微生物的檢測研究工作提供參考依據。

    1  材料與方法

    1.1  菌株  豬霍亂沙門菌豬霍亂亞種ATCC13312（S.ATCC13312）（廣東省微生物研究所）；其余5株沙門菌HB009，HB371，HB069，HB215，HB143分別分離自市售的生豬肉、海產品、生牛肉、生羊肉和雞肉。其他屬菌株共14株保藏于本實驗室，作為沙門菌環介導恒溫核酸擴增反應特異性試驗中的對照菌株。所有菌株均保存在質脂雙層（LB）培養基中。

    1.2  儀器及試劑  HtPot40恒溫金屬?。ê戏拾旧茖W儀器有限公司）；PCR擴增儀ABI2700（美國ABI公司）；凝膠成像系統（BIO-RAD Gel Doc EQ凝膠成像系統）。Bst大片段DNA聚合酶（愛爾蘭Biolabs公司）；甜菜堿（分析純，美國Sigma公司）；瓊脂糖以及引物合成（大連TaKaRa生物公司）。

    1.3  方法

    1.3.1  LAMP反應引物設計  以沙門菌的屬特異性基因invA〔6，7〕為靶基因，選擇位于8 091～331之間的DNA序列作為LAMP擴增區域。將待擴增的DNA分為6個獨立的區域，根據這6個區域分別設計LAMP反應所需2對引物（內引物FIP和BIP、外引物F3和B3）。FIP由F2和F1C兩部分組成，BIP由B2和B1C兩部分組成，其2個部分都能分別識別靶DNA正義鏈和反義鏈獨立區域。外引物F3和B3分別識別靶DNA上F2和B2的外側的獨立區域，F3序列是5′-gcaacagctacgtgatga-3′；B3序列是5′-ctctattgccggcatcatta-3′。2對引物識別靶DNA上6個獨立區域。FIP由22個堿基F1C和20個堿基F2，以及中間連接的TTTT組成，序列是5′-cttagatccccgcattgttggttttccgccacatattatcgcgat-3′；BIP由21個堿基B1C和20個堿基B2，以及中間連接的TTTT組成，序列是5′-gaccatcatgaatggtcagcattttattggcggtatttcggtcta-3′（引物由大連寶生物公司合成）。

    1.3.2  LAMP反應  （1）DNA模板制備：DNA提取參照文獻〔8〕。（2）LAMP反應體系：25μl反應混合物包括各1.6 μmol／L的FIP和BIP，各0.2 mol／L的F3和B3，1×恒溫緩沖液，1 mol／L的甜菜堿，6 mmol／L的MgSO4，1.6 mmol／L的dNTP，8 U／μl的大片斷DNA聚合酶，1 μlDNA。（3）反應過程：除了大片斷DNA聚合酶，將其余的試劑混合物于95℃反應5 min，使DNA變性。然后迅速于冰上冷卻，并加入Bst聚合酶，將反應物混勻，置于65℃恒溫金屬浴中反應60 min，zui后在80℃條件下反應5 min結束反應。（4）LAMP產物檢測：肉眼觀察反應物的外觀變化并在2％瓊脂糖凝膠上100 V電泳分離25 min，加樣量7 μl/上樣孔。凝膠置于EB中染色10 min，水洗10 min，在BIO-RAD Gel Doc EQ凝膠成像系統下照像檢測。